# 桑基图与弦图

## 适用场景

**桑基图 (Sankey Diagram)**：展示流量/数量的流向和分配，常见于患者诊疗路径、多组学数据整合、能量/物质流动、临床试验病例流转。

**弦图 (Chord Diagram)**：展示双向关系或配对关联的密度，常见于细胞互作、基因共表达模块间的共享基因、不同亚群间的迁移/转换关系。

## 读图维度

### 桑基图

#### 1. 节点与层级

- **节点代表什么？**
  - 分类状态（如疾病分期、治疗阶段、分子亚型）
  - 时间节点（如基线→3月→6月→12月）
  - 数据类型（如基因组→转录组→蛋白组）
- **层级逻辑**：
  - 从左到右是否有自然的时序或因果顺序？
  - 是否可以逆流？（如治疗后复发回到前期状态）

#### 2. 流量与宽度

- **线条宽度**：
  - 与流量/数量成正比
  - 视觉上线条宽度是否可准确比较？
- **流量守恒**：
  - 进入节点的总流量是否等于流出总流量？
  - 如有损失（如失访、死亡），是否标注了"流失"路径？

#### 3. 路径追踪

- **主要路径**：
  - 最粗的线代表什么主流向？
  - 是否存在多条并行的重要路径？
- **罕见路径**：
  - 极细的线条是否代表真实的小比例事件？
  - 还是被视觉压缩到几乎看不见？

### 弦图

#### 1. 环形节点

- **圆周上的节点**：
  - 代表什么实体？（细胞类型、基因模块、样本组）
  - 节点弧长是否代表大小？（如细胞数量、模块基因数）
- **颜色编码**：
  - 节点颜色是否代表分组/类别？
  - 弦的颜色是源节点色、目标节点色、还是混合色？

#### 2. 弦的解读

- **弦的粗细**：
  - 代表两节点间关系强度（如配体-受体对数、共享基因数）
  - 弦越粗 = 相互作用越强
- **弦的方向**：
  - 是否有方向性？（如从细胞A到细胞B的分泌关系）
  - 还是纯无向关联？

#### 3. 矩阵关系

- **邻接矩阵 vs 弦图**：
  - 弦图是邻接矩阵的可视化
  - 如果弦图过于复杂，看原始矩阵是否更清晰？
- **自环 (Self-loop)**：
  - 节点连接到自身的弦代表什么？（自分泌、模块内调控）

## 常见陷阱

| 陷阱 | 识别方法 | 风险 |
|------|---------|------|
| **桑基图层级过多** | >4 层 | 线条交叉严重，无法追踪路径 |
| **弦图节点过多** | >20 个节点 | 视觉混乱，弦完全重叠 |
| **桑基流量未标注比例** | 只有绝对数 | 无法判断占比，需要同时看百分比 |
| **弦图过度解读方向** | 无方向数据强行加箭头 | 误导为因果关系 |
| **桑基隐藏关键流失** | 未显示失访/死亡分支 | 幸存者偏误，夸大疗效 |

## 关键问题模板

1. "桑基图显示从诊断到治疗有 30% 的病例"流失"，这些病例的临床特征是否与继续治疗的病例不同？是否存在选择偏倚？"
2. "弦图显示细胞类型 A 和 B 之间有大量互作，但这是基于单一数据集的预测，是否有独立的细胞实验验证？"
3. "桑基图的最粗路径是否代表了作者希望强调的"理想路径"，而较细的路径实际上也很重要但被视觉弱化了？"
4. "弦图中模块 1 和模块 2 的共享基因有 50 个，但两个模块各自的基因数分别是 200 和 300，Jaccard 重叠度其实只有 10%，弦的粗细是否放大了关联感？"

## 一句话总结

> 桑基图的核心是**"追路径、看守恒、防流失"**，弦图的核心是**"看强度、防混乱、验证方向性"**——流量可视化的真实度取决于未显示部分的透明度。
