refactor: move chart-reading into literature-qa skill

- Chart guides are references for literature-qa, not standalone skill
- Move skills/chart-reading/ -> skills/literature-qa/chart-reading/
- Update setup.py deploy path
- Update prompt_deep_subagent.md references
- Update 科研读图指南.md links

scripts/setup.py

@@ -482,9 +482,9 @@ def deploy_workflow_scripts(vault_path: Path, agent_key: str, agent_config: dict
             print_error(f"Failed to deploy {src_rel}: {e}")
             fail_count += 1
     
-    # Deploy chart reading guides (into agent-specific skill dir)
-    chart_guide_src = repo_root / "skills/chart-reading"
-    chart_guide_dst = vault_path / skill_dir / "chart-reading"
+    # Deploy chart reading guides (into literature-qa skill as references)
+    chart_guide_src = repo_root / "skills/literature-qa/chart-reading"
+    chart_guide_dst = vault_path / skill_dir / "literature-qa/chart-reading"
     
     if chart_guide_src.exists() and chart_guide_src.is_dir():
         chart_files = list(chart_guide_src.glob("*.md"))

skills/literature-qa/prompt_deep_subagent.md

@@ -147,7 +147,7 @@ python {{SCRIPT}} figure-map "{{FULLTEXT_MD}}" --key {{ZOTERO_KEY}} --out "D:\L\
 - 轴标签是否完整？单位是否标注？
 - 是否有 error bars / 置信区间 / 统计显著性标记？
 - 如果缺少这些，对结论可信度有什么影响？
-- **[进阶]** 识别图表类型后，参考 `99_System/Template/读图指南/` 中的对应子指南进行深度审查（如箱式图看IQR与异常值、热图看标准化与批次、ROC曲线看截断点与AUC置信区间等）
+- **[进阶]** 识别图表类型后，参考 `chart-reading/` 中的对应子指南进行深度审查（如箱式图看IQR与异常值、热图看标准化与批次、ROC曲线看截断点与AUC置信区间等）
 
 **作者解释**
 - 作者在文中对该图的描述：

templates/科研读图指南.md

@@ -28,20 +28,20 @@
 
 | 图表类型 | 识别关键词 | 子指南文件 |
 |---------|-----------|-----------|
-| 箱式图 / 小提琴图 | boxplot, violin, quartile, median, IQR | [[读图指南/箱式图与小提琴图]] |
-| 热图 / 聚类图 | heatmap, clustering, dendrogram, z-score | [[读图指南/热图与聚类图]] |
-| PCA / t-SNE / UMAP | principal component, embedding, dimensionality reduction | [[读图指南/降维图(PCA-tSNE-UMAP)]] |
-| ROC / PR 曲线 | ROC, AUC, sensitivity, specificity, precision-recall | [[读图指南/ROC与PR曲线]] |
-| 生存曲线 | Kaplan-Meier, survival, hazard ratio, log-rank | [[读图指南/生存曲线]] |
-| 火山图 / 曼哈顿图 | volcano plot, log2 fold change, -log10 p, GWAS | [[读图指南/火山图与曼哈顿图]] |
-| 散点图 / 气泡图 | scatter plot, bubble, correlation, regression | [[读图指南/散点图与气泡图]] |
-| 条形图 / 误差棒 | bar chart, SEM, SD, confidence interval | [[读图指南/条形图与误差棒]] |
-| GSEA 富集图 | enrichment plot, ES, NES, leading edge | [[读图指南/GSEA富集图]] |
-| 森林图 / Meta 分析 | forest plot, meta-analysis, odds ratio, I2 | [[读图指南/森林图与Meta分析]] |
-| 雷达图 / 漏斗图 | radar chart, funnel plot, publication bias | [[读图指南/雷达图与漏斗图]] |
-| 网络图 / 通路图 | network, pathway, PPI, interaction | [[读图指南/网络图与通路图]] |
-| 桑基图 / 弦图 | Sankey, chord, alluvial, flow | [[读图指南/桑基图与弦图]] |
-| 蛋白质结构图 | protein structure, PDB, Cryo-EM, X-ray | [[读图指南/蛋白质结构图]] |
+| 箱式图 / 小提琴图 | boxplot, violin, quartile, median, IQR | 箱式图与小提琴图 |
+| 热图 / 聚类图 | heatmap, clustering, dendrogram, z-score | 热图与聚类图 |
+| PCA / t-SNE / UMAP | principal component, embedding, dimensionality reduction | 降维图(PCA-tSNE-UMAP) |
+| ROC / PR 曲线 | ROC, AUC, sensitivity, specificity, precision-recall | ROC与PR曲线 |
+| 生存曲线 | Kaplan-Meier, survival, hazard ratio, log-rank | 生存曲线 |
+| 火山图 / 曼哈顿图 | volcano plot, log2 fold change, -log10 p, GWAS | 火山图与曼哈顿图 |
+| 散点图 / 气泡图 | scatter plot, bubble, correlation, regression | 散点图与气泡图 |
+| 条形图 / 误差棒 | bar chart, SEM, SD, confidence interval | 条形图与误差棒 |
+| GSEA 富集图 | enrichment plot, ES, NES, leading edge | GSEA富集图 |
+| 森林图 / Meta 分析 | forest plot, meta-analysis, odds ratio, I2 | 森林图与Meta分析 |
+| 雷达图 / 漏斗图 | radar chart, funnel plot, publication bias | 雷达图与漏斗图 |
+| 网络图 / 通路图 | network, pathway, PPI, interaction | 网络图与通路图 |
+| 桑基图 / 弦图 | Sankey, chord, alluvial, flow | 桑基图与弦图 |
+| 蛋白质结构图 | protein structure, PDB, Cryo-EM, X-ray | 蛋白质结构图 |
 
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