feat: add literature templates and update deployment

- Add 文献阅读.md template for literature notes
- Add 科研读图指南.md main chart reading guide
- Update deploy_workflow_scripts to include template files

99_System/Template/文献阅读.md

@@ -0,0 +1,47 @@
+---
+title: " {{标题}} "
+year: {{年份}}
+type: {{类型}}
+journal: " {{期刊}} "
+impact_factor: {{影响因子}}
+category: {{自己的分类}}
+tags:
+  - 文献阅读
+  {{#if 标记}} - {{标记}} {{/if}}
+keywords: [ {{关键词}} ]
+pdf_link: "[[{{上传PDF}}]]"
+---
+
+# {{标题}}
+
+## 📄 文献基本信息
+{{文献基本信息}}
+
+---
+
+## 💡 文献内容总结
+{{文献内容总结}}
+
+---
+
+## 🚀 未来方向
+{{未来方向}}
+
+---
+
+## 📝 个人备注与补充
+**备注：** {{#if 备注}}
+{{备注}}
+{{else}}
+（无备注）
+{{/if}}
+
+**补充说明：**
+{{#if 补充}}
+{{补充}}
+{{else}}
+（无补充内容）
+{{/if}}
+
+---
+**附件：** [[{{上传PDF}}]]

99_System/Template/科研读图指南.md

@@ -0,0 +1,81 @@
+# 科研读图指南
+
+## 使用方式
+
+在精读 **Figure-by-Figure** 时，识别图表类型，然后加载对应子指南。
+
+**识别方法**：
+1. 看标题/caption中的关键词
+2. 看图像本身的视觉特征（坐标轴、颜色、几何图形）
+3. 如果不确定，参考下方的「图表类型索引」
+
+---
+
+## 通用检查清单（适用于所有图表）
+
+在深入类型-specific分析前，先回答这6个问题：
+
+- [ ] **类型匹配**：图表类型是否匹配作者声称的分析方法？（例如：说做差异分析却用散点图而非箱式图）
+- [ ] **样本量**：n值是否标注？每个点/柱/箱代表多少样本？
+- [ ] **统计方法**：p值、检验方法、置信区间是否明确？
+- [ ] **颜色图例**：是否自解释？色盲友好吗？
+- [ ] **坐标轴**：单位、刻度、截断是否合理？（警惕Y轴截断造成的视觉放大）
+- [ ] **视觉误导**：是否存在不连续刻度、面积误导、三维透视扭曲等？
+
+---
+
+## 图表类型索引
+
+| 图表类型 | 识别关键词 | 子指南文件 |
+|---------|-----------|-----------|
+| 箱式图 / 小提琴图 | boxplot, violin, quartile, median, IQR | [[读图指南/箱式图与小提琴图]] |
+| 热图 / 聚类图 | heatmap, clustering, dendrogram, z-score | [[读图指南/热图与聚类图]] |
+| PCA / t-SNE / UMAP | principal component, embedding, dimensionality reduction | [[读图指南/降维图(PCA-tSNE-UMAP)]] |
+| ROC / PR 曲线 | ROC, AUC, sensitivity, specificity, precision-recall | [[读图指南/ROC与PR曲线]] |
+| 生存曲线 | Kaplan-Meier, survival, hazard ratio, log-rank | [[读图指南/生存曲线]] |
+| 火山图 / 曼哈顿图 | volcano plot, log2 fold change, -log10 p, GWAS | [[读图指南/火山图与曼哈顿图]] |
+| 散点图 / 气泡图 | scatter plot, bubble, correlation, regression | [[读图指南/散点图与气泡图]] |
+| 条形图 / 误差棒 | bar chart, SEM, SD, confidence interval | [[读图指南/条形图与误差棒]] |
+| GSEA 富集图 | enrichment plot, ES, NES, leading edge | [[读图指南/GSEA富集图]] |
+| 森林图 / Meta 分析 | forest plot, meta-analysis, odds ratio, I2 | [[读图指南/森林图与Meta分析]] |
+| 雷达图 / 漏斗图 | radar chart, funnel plot, publication bias | [[读图指南/雷达图与漏斗图]] |
+| 网络图 / 通路图 | network, pathway, PPI, interaction | [[读图指南/网络图与通路图]] |
+| 桑基图 / 弦图 | Sankey, chord, alluvial, flow | [[读图指南/桑基图与弦图]] |
+| 蛋白质结构图 | protein structure, PDB, Cryo-EM, X-ray | [[读图指南/蛋白质结构图]] |
+
+---
+
+## 进阶：什么时候需要子指南？
+
+**所有 14 类图表均有子指南**。根据复杂度选择阅读深度：
+
+**复杂图表**（强烈建议读子指南）：
+- 热图（聚类、标准化、注释层）
+- PCA/t-SNE/UMAP（方差解释、批次效应）
+- ROC/PR曲线（截断点、置信区间）
+- 生存曲线（删失、比例风险假设）
+- GSEA 富集图（ES曲线、Leading Edge、FDR阈值）
+- 森林图（异质性、权重、发表偏倚）
+- 蛋白质结构图（分辨率、界面、动态性）
+
+**中等复杂度**（建议读子指南）：
+- 箱式图/小提琴图（统计检验选择、异常值处理）
+- 火山图（多重检验校正、效应量阈值）
+- 散点图/气泡图（过绘、假相关、气泡大小误导）
+- 条形图/误差棒（SEM vs SD、Y轴截断、多重比较）
+- 网络图/通路图（hairball、预测边、Hub偏倚）
+
+**相对简单但仍建议参考**：
+- 雷达图/漏斗图（维度标准化、发表偏倚判断）
+- 桑基图/弦图（流量守恒、路径追踪、方向性）
+
+**通用清单足够**（基础检查）：
+- 简单的饼图、面积图、折线图
+
+---
+
+## References
+
+- Weissgerber et al. (2015). *Beyond bar and line graphs*. PLOS Biology. [DOI:10.1371/journal.pbio.1002128](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002128)
+- Weissgerber et al. (2019). *Reveal, don't conceal*. Circulation. [DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.118.037777](https://doi.org/10.1161/CIRCULATIONAHA.118.037777)
+- Krzywinski & Altman (2013). *Visualizing samples with box plots*. Nature Methods. [DOI:10.1038/nmeth.2813](https://doi.org/10.1038/nmeth.2813)

scripts/setup.py

@@ -513,6 +513,31 @@ def deploy_workflow_scripts(vault_path: Path, agent_key: str, agent_config: dict
                     fail_count += 1
             print_success(f"Deployed {len(chart_files)} chart reading guides")
     
+    # Deploy template files
+    template_files = [
+        ("99_System/Template/文献阅读.md",
+         f"{paths['template_path']}/文献阅读.md"),
+        ("99_System/Template/科研读图指南.md",
+         f"{paths['template_path']}/科研读图指南.md"),
+    ]
+    
+    for src_rel, dst_rel in template_files:
+        src_path = repo_root / src_rel
+        dst_path = vault_path / dst_rel
+        
+        if src_path.exists():
+            try:
+                dst_path.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+                shutil.copy2(src_path, dst_path)
+                print_success(f"Deployed template: {src_rel}")
+                success_count += 1
+            except Exception as e:
+                print_error(f"Failed to deploy template {src_rel}: {e}")
+                fail_count += 1
+        else:
+            print_warning(f"Template not found (skipping): {src_rel}")
+            fail_count += 1
+    
     print(f"\nDeployment summary: {success_count} succeeded, {fail_count} failed")
     return fail_count == 0