chore: remove stale root files (_check_deploy.py, command/)

2026-07-22 06:50:53 +00:00 · 2026-05-24 20:08:27 +08:00 · 2026-05-24 20:08:27 +08:00 · aff1766d9e
commit aff1766d9e
parent 4e84bfd19f
6 changed files with 0 additions and 805 deletions
--- a/_check_deploy.py
+++ b/_check_deploy.py
@ -1,7 +0,0 @@
-import sys
-sys.stdout.reconfigure(encoding="utf-8")
-path = r"D:\L\OB\Literature-hub\.obsidian\plugins\paperforge\main.js"
-s = open(path, "r", encoding="utf-8").read()
-print("No PDF in file:", "No PDF" in s)
-print("t(orphan_explain) in file:", "orphan_explain" in s)
-print("Hardcoded 'Delete ' in orphan section:", s[s.find("orphan-modal-actions")-200:s.find("orphan-modal-actions")+500] if "orphan-modal-actions" in s else "NOT FOUND")
--- a/command/pf-deep.md
+++ b/command/pf-deep.md
@ -1,297 +0,0 @@
-# /pf-deep
-
-## Purpose
-
-基于单篇论文的组会式精读入口。
-
-1. 解析 `/pf-deep <query>` 中的查询词
-2. 支持 Zotero key、标题片段、DOI、PMID、关键词
-3. 优先搜索本地 Zotero 并锁定单篇论文
-4. 绑定该论文对应的：
-   - `<system_dir>/PaperForge/ocr/<KEY>/fulltext.md`
-   - `<system_dir>/PaperForge/ocr/<KEY>/meta.json`
-   - `<resources_dir>/<literature_dir>/.../KEY - Title.md`
-5. 在正式文献卡片中检查或创建 `## 精读`
-6. 以"研究思路 + figure-by-figure"方式一次性完成精读写回
-
-## CLI Equivalent
-
-```bash
-# 准备阶段（间接）
-paperforge sync      # 生成正式笔记
-paperforge ocr       # 完成 OCR 提取
-paperforge deep-reading  # 查看精读队列状态
-```
-
-> `/pf-deep` 是 **Agent 层命令**，无直接 CLI 等效命令。其依赖的数据由上述 CLI 命令准备。
-
-## Prerequisites
-
- [ ] 正式笔记已生成（`paperforge sync` 生成）
- [ ] `analyze: true` 已设置（在正式笔记 frontmatter 中）
- [ ] OCR 已完成（`ocr_status: done`）
- [ ] `fulltext.md` 存在且非空
- [ ] 正式笔记文件存在
-
-## Arguments
-
-| 参数 | 必需 | 说明 |
-|------|------|------|
-| `<query>` | 否 | Zotero key、标题片段、DOI、PMID 或关键词（不提供则自动检测精读队列） |
-
-### 参数说明
-
-1. 如果输入看起来像 8 位 Zotero key，则直接按 key 解析。
-2. 否则先在本地 Zotero 中搜索标题/摘要。
-3. 若命中唯一结果或明显最佳结果，则直接载入。
-4. 若存在多个合理候选，则先列候选清单再让用户选。
-5. 不要强迫用户先知道 Zotero key。
-
-## Example
-
-### 单篇精读（已知 key）
-
-```bash
-<prefix>pf-deep XGT9Z257
-<prefix>pf-deep Predictive findings on magnetic resonance imaging
-<prefix>pf-deep 10.1016/j.jse.2018.01.001
-```
-
-### 无参数：自动检测队列
-
-```bash
-<prefix>pf-deep
-```
-
-当不提供具体 key/标题时，`<prefix>pf-deep` 无参数自动检测精读队列：
-
-1. 运行 `paperforge --vault {{VAULT}} deep-reading` 同步精读状态
-2. 运行 `python .opencode/skills/pf-deep/scripts/ld_deep.py queue --vault "{{VAULT}}"` 获取 JSON 格式队列
-3. 解析队列状态（`analyze=true` + `deep_reading_status != done` + `ocr_status`）
-4. 按 OCR 状态分组展示：
-   - **就绪**：OCR 已完成，可直接精读
-   - **阻塞**：OCR 未完成，需先跑 `paperforge ocr`
-5. 由用户选择篇目：
-   - 若只有 1 篇就绪 -> 直接执行单篇精读（等同于 `<prefix>pf-deep <key>`）
-   - 若多篇 -> 展示清单，用户选择后批量 spawn subagent 并行处理
-
-## Output
-
-Agent 在正式笔记中创建或更新 `## 精读` 区域，包含：
-
- **Pass 1: 概览** — 一句话总览、5 Cs 快速评估、Figure 导读
- **Pass 2: 精读还原** — Figure-by-Figure 解析、Table-by-Table 解析、关键方法补课、主要发现与新意
- **Pass 3: 深度理解** — 假设挑战与隐藏缺陷、结论扎实性评估、Discussion 解读、个人启发、遗留问题
-
-## Error Handling
-
-### OCR 未完成
- **表现**：Agent 提示 `ocr_status` 不是 `done`
- **解决**：先运行 `paperforge ocr`，确认 `meta.json` 中 `ocr_status` 变为 `done`
-
-### 内容已存在（覆盖确认）
- **表现**：正式笔记中已存在 `## 精读` 区域且包含非占位符的实质内容
- **处理**：Agent **必须**询问用户：
-  - **"追加"** — 保留现有内容，仅补充新增/空缺部分
-  - **"覆盖"** — 删除现有 `## 精读` 区域，重新生成
-  - **"跳过"** — 取消本次操作
- **规则**：用户选择"追加"时保留已有内容；选择"覆盖"时先删除再重建；选择"跳过"时终止流程
-
-### 未找到论文
- **表现**：Zotero key 无效或搜索无结果
- **解决**：确认 key 正确，或尝试用标题片段搜索
-
-## Platform Notes
-
-### OpenCode
-
- `/pf-deep` 在对话窗口直接输入
- Agent 使用 `paperforge paths --json` 获取 Vault 路径配置
- 多篇文章并行时使用 `Task` tool 启动 subagent，每篇独立处理
- 需要文件系统访问权限读取 OCR 结果和写入正式笔记
-
-#### Subagent Spawn 指南（多篇并行时使用）
-
-当需要并行处理多篇论文时，使用 Task tool 启动 subagent，每个 subagent 独立处理一篇。
-
-**变量替换**：
-
-| 变量 | 示例值 | 获取方式 |
-|------|--------|---------|
-| `{{ZOTERO_KEY}}` | `Y5KQ4JQ7` | 从 JSON 导出中获取 |
-| `{{FORMAL_NOTE}}` | `<Vault>/<resources_dir>/<literature_dir>/骨科/Y5KQ4JQ7 - title.md` | 从 `paperforge paths --json` 中获取 |
-| `{{FULLTEXT_MD}}` | `<Vault>/<system_dir>/PaperForge/ocr/Y5KQ4JQ7/fulltext.md` | 由 OCR worker 生成在 ocr 目录下 |
-| `{{SCRIPT}}` | `<Vault>/<skill_dir>/literature-qa/scripts/ld_deep.py` | 从 `paperforge paths --json` 获取 `ld_deep_script` 字段 |
-
-**Spawn 命令格式**：
-
-获取路径信息：
-```bash
-paperforge paths --json
-# 返回 JSON，包含 worker_script, ld_deep_script, skill_dir 等字段
-```
-
-然后使用以下格式启动 subagent：
-```
-Task(
-  description="pf-deep {{ZOTERO_KEY}}",
-  prompt="加载 subagent prompt: <Vault>/<skill_dir>/literature-qa/prompt_deep_subagent.md\n\n填入以下变量：\n- ZOTERO_KEY: {{ZOTERO_KEY}}\n- FORMAL_NOTE: {{FORMAL_NOTE}}\n- FULLTEXT_MD: {{FULLTEXT_MD}}\n- SCRIPT: {{SCRIPT}}",
-  subagent_type="general"
-)
-```
-
-**多篇并行示例**：
-
-假设要对 LMD5YVLP、NDPUMMCI、Y5KQ4JQ7、UBM39DTB 四篇并行精读：
-
-1. 先行查询 formal-library.json 或检查文件系统，确认每篇的 FORMAL_NOTE 路径
-2. 用 Bash tool 预跑 `python {{SCRIPT}} figure-index {{FULLTEXT_MD}}` 确认 OCR 存在
-3. 四个 Task 并行启动，每篇独立
-4. 等待所有 Task 完成，收集各篇的写入行数和验证结果
-
-**预检（必须）**：
-
-在 spawn 之前，确认：
- `{{FULLTEXT_MD}}` 存在且非空（OCR 已完成）
- `{{FORMAL_NOTE}}` 所在目录存在（note 已被 selection-sync 创建）
-
-如有任何一项不满足，subagent 应报错退出，不静默失败。
-
-### Codex
-
-> **Future**：计划支持。预计通过 API 调用实现类似功能。
-
-### Claude Code
-
-> **Future**：计划支持。预计通过工具调用或文件附件实现。
-
-## 精读结构参考
-
-### 执行原则
-
- `/pf-deep` 对用户来说是一次触发直接完成。
- 内部逻辑分两步：
-  1. 先生成 `## 精读` 骨架和 figure 标题位
-  2. 再补全所有空段
- 后续再次运行时（未询问用户或用户选择追加）：
-  - 只补空段
-  - 不覆盖已有内容
-  - 不覆盖用户手改内容
-
-### 精读定位
-
-这不是综述提取，也不是信息摘录。目标是模拟高水平博士/博士后组会讲解单篇论文的学习型精读。
-
-主线必须是：
-
-1. 文章整体研究思路
-2. 主文 figure 逐张解析
-3. 关键方法补课
-4. 主要发现、新意、疑点与启发
-
-### Supplementary 规则
-
- 默认不逐张展开 supplementary figure/table。
- 仅在以下情况下纳入：
-  - 对主结论形成关键支撑
-  - 补足方法可信度
-  - 限制主文结论的解释范围
-  - 作者在正文中明显依赖该补充材料
-
-### 标准骨架
-
-```md
-## 精读
-
-**证据边界**：区分三层信息：`论文结果`、`作者解释`、`我的理解/推断`。不要把样本内观察直接写成普遍规律，不要把相关性写成因果，不要把未进入最终模型的指标写成已被稳定验证的联合诊断结论。
-
-### Pass 1: 概览
-
-**一句话总览**
-（待补充）
-
-**5 Cs 快速评估**
- **Category**（类型）：
- **Context**（上下文）：
- **Correctness**（合理性初判）：
- **Contributions**（贡献）：
- **Clarity**（清晰度）：
-
-**Figure 导读**
- 关键主图：
- 证据转折点：
- 需要重点展开的 supplementary：
- 关键表格：
-
-### Pass 2: 精读还原
-
-#### Figure-by-Figure 解析
-（每张 figure 下方按以下顺序填写）
- **图像定位与核心问题**：页码 + 要回答什么问题
- **方法与结果**：方法 + 结果
- **作者解释**：作者对该图的解读
- **我的理解**：自己的理解（区分于作者解释）
- **在全文中的作用**：该图在整体故事线中的位置
- **疑点 / 局限**：读图时发现的疑问（可酌情用 `> [!warning]` 突出）
-
-#### Table-by-Table 解析
-（如有重要表格，按同样结构展开）
-
-#### 关键方法补课
- 方法 1：
- 方法 2：
-
-#### 主要发现与新意
-**主要发现**
- 发现 1：
- 发现 2：
-
-### Pass 3: 深度理解
-
-#### 假设挑战与隐藏缺陷
- 隐含假设：
- 如果放宽某个假设，结论还成立吗？
- 缺少哪些关键引用？
- 实验/分析技术的潜在问题：
-
-#### 哪些结论扎实，哪些仍存疑
-**较扎实**
-
-
-**仍存疑**
-
-
-#### Discussion 与 Conclusion 怎么读
- 作者真正完成了什么：
- 哪些地方有拔高：
- 哪些地方是推测：
-
-#### 对我的启发
- 研究设计上：
- figure 组织上：
- 方法组合上：
- 未来工作想法：
-
-#### 遗留问题
-**遗留问题**
-
-```
-
-### Figure 节要求
-
-每个 figure 小节按以下顺序填写：
-
- **图像定位与核心问题**：页码 + 要回答什么问题
- **方法与结果**：方法 + 结果
- **作者解释**：作者对该图的解读
- **我的理解**：自己的理解（区分于作者解释）
- **在全文中的作用**：该图在整体故事线中的位置
- **疑点 / 局限**：读图时发现的疑问（可酌情用 `> [!warning]` 突出）
-
-图像优先直接引用 `fulltext.md` 里已有的 OCR 图像链接。
-
-## See Also
-
- [pf-paper](pf-paper.md) — 快速摘要与问答
- [AGENTS.md](../AGENTS.md) — 完整使用指南、架构说明、常见问题
- [docs/COMMANDS.md](../docs/COMMANDS.md) — 命令总览与矩阵
--- a/command/pf-ocr.md
+++ b/command/pf-ocr.md
@ -1,142 +0,0 @@
-# /pf-ocr
-
-## Purpose
-
-处理正式笔记 frontmatter 中 `do_ocr: true` 的 PDF OCR 队列。
-
-`paperforge ocr` 会自动读取 `paperforge.json` 定位 ocr 目录和 worker 脚本，运行 OCR 并自动诊断结果。
-
-## CLI Equivalent
-
-```bash
-paperforge ocr
-```
-
-如需使用 Python 直接调用（备选方式）：
-
-```bash
-python -m paperforge ocr --vault .
-```
-
-## Prerequisites
-
- [ ] formal note frontmatter 中 `do_ocr: true` 已设置
- [ ] PDF 附件存在（`has_pdf: true`）
- [ ] PaddleOCR API Key 已配置（`.env` 中 `PADDLEOCR_API_TOKEN`）
- [ ] 网络连接正常（可访问 PaddleOCR 服务）
- [ ] `paperforge.json` 配置正确（路径解析无误）
-
-## Arguments
-
-| 参数 | 必需 | 说明 |
-|------|------|------|
-| `--diagnose` | 否 | 仅诊断配置，不上传 PDF |
-| `--key <KEY>` | 否 | 仅处理指定 Zotero key 的文献 |
-| `--vault <PATH>` | 否 | 指定 Vault 根目录（默认当前目录） |
-| `--live` | 否 | 与 `--diagnose` 联用，执行实时 PDF 测试 |
-
-### 诊断模式
-
-验证 OCR 配置 before queueing jobs：
-
-```bash
-paperforge ocr --diagnose
-```
-
-执行完整诊断（含实时 PDF 测试）：
-
-```bash
-paperforge ocr --diagnose --live
-```
-
-### 诊断等级
-
-| 等级 | 检查项 | 失败含义 |
-|------|--------|---------|
-| L1 | API token 存在性 | `PADDLEOCR_API_TOKEN` 缺失或为空 |
-| L2 | URL 可达性 | 无法连接 PaddleOCR 服务 |
-| L3 | API 格式验证 | 服务可达但响应格式异常 |
-| L4 | 实时 PDF 往返 | 完整提交和结果获取失败 |
-
-> Exit code `0` = 所有检查通过。Exit code `1` = 至少一项检查失败。
-
-## Example
-
-```bash
-# 处理所有标记 do_ocr: true 的文献
-paperforge ocr
-
-# 仅处理指定文献
-paperforge ocr --key ABCDEFG
-
-# 诊断模式（不实际运行）
-paperforge ocr --diagnose
-
-# 完整诊断（含实时测试）
-paperforge ocr --diagnose --live
-
-# 指定 Vault 目录
-paperforge ocr --vault /path/to/vault
-```
-
-## Output
-
-OCR 完成后，每个文献生成以下文件：
-
-```
-<system_dir>/PaperForge/ocr/<key>/
-├── fulltext.md        # 提取的全文（含 `<!-- page N -->` 分页标记）
-├── images/            # 自动切割的图表图片
-├── meta.json          # OCR 元数据（含 ocr_status）
-└── figure-map.json    # 图表索引（自动生成）
-```
-
-`meta.json` 中的 `ocr_status` 字段：
- `pending` — 等待处理
- `processing` — 正在处理
- `done` — 完成
- `failed` — 失败
-
-## Error Handling
-
-### API Token 缺失（L1 失败）
- **表现**：`PADDLEOCR_API_TOKEN` 未设置或为空
- **解决**：在 `.env` 文件中添加 `PADDLEOCR_API_TOKEN=your_token_here`
-
-### 服务不可达（L2 失败）
- **表现**：无法连接 PaddleOCR 服务
- **解决**：检查网络连接，确认服务 URL 配置正确
-
-### PDF 上传失败（L4 失败）
- **表现**：PDF 提交后未返回结果
- **解决**：检查 PDF 文件是否损坏，确认文件大小未超过限制
-
-### OCR 状态卡住
- **表现**：`ocr_status` 长期显示 `processing`
- **解决**：检查 `<system_dir>/PaperForge/ocr/<key>/meta.json` 中的错误信息，重新设置 `do_ocr: true` 后再次运行
-
-## Platform Notes
-
-### OpenCode
-
-> `/pf-ocr` 是 **CLI 命令**，Agent 层不直接提供 `/pf-ocr` 聊天命令。
->
-> 用户需要：
-> 1. 在 Obsidian 中将正式笔记的 `do_ocr` 设为 `true`
-> 2. 在终端运行 `paperforge ocr`
-> 3. 或在 Agent 对话中要求 Agent 执行上述步骤
-
-### Codex
-
-> **Future**：计划支持。预计通过 API 调用实现类似功能。
-
-### Claude Code
-
-> **Future**：计划支持。预计通过工具调用实现类似功能。
-
-## See Also
-
- [pf-sync](pf-sync.md) — 文献同步（生成正式笔记）
- [pf-deep](pf-deep.md) — 深度精读（依赖 OCR 结果）
- [AGENTS.md](../AGENTS.md) — 完整使用指南、架构说明、常见问题
- [docs/COMMANDS.md](../docs/COMMANDS.md) — 命令总览与矩阵
--- a/command/pf-paper.md
+++ b/command/pf-paper.md
@ -1,119 +0,0 @@
-# /pf-paper
-
-## Purpose
-
-基于 Zotero OCR 文本的单篇论文工作台入口。
-
-1. 解析 `/pf-paper <query>` 中的查询词
-2. 支持 Zotero key、标题片段、DOI、PMID、关键词
-3. 优先搜索本地 Zotero，解析到单篇目标论文
-4. 根据 Vault 根目录的 `paperforge.json` 加载 `<system_dir>/PaperForge/ocr/<KEY>/fulltext.md` 作为主文本
-5. 读取 `meta.json` 显示论文标题、作者、期刊、年份
-6. 进入 Q&A 模式，用中文回答用户关于该论文的问题
-7. 在当前论文上下文中，用户可再说"精读这篇文章"切换到 deep 层
-
-## CLI Equivalent
-
-```bash
-# 准备阶段（间接）
-paperforge sync      # 生成正式笔记
-```
-
-> `/pf-paper` 是 **Agent 层命令**，无直接 CLI 等效命令。
-
-## Prerequisites
-
- [ ] 正式笔记已生成（`paperforge sync` 生成）
- [ ] 正式笔记已生成（用于定位论文）
- [ ] `fulltext.md` 存在（推荐，用于基于原文回答；如不存在则基于元数据回答）
-
-> **注意**：与 `/pf-deep` 不同，`/pf-paper` **不强制要求** OCR 完成。没有 OCR 时基于论文元数据和公开信息回答。
-
-## Arguments
-
-| 参数 | 必需 | 说明 |
-|------|------|------|
-| `<query>` | 是 | Zotero key、标题片段、DOI、PMID 或关键词 |
-| `<query2> ...` | 否 | 可同时加载多篇论文 |
-
-### 解析规则
-
-1. 如果输入看起来像 8 位 Zotero key，则直接按 key 解析。
-2. 否则先在本地 Zotero 中搜索标题/摘要。
-3. 若命中唯一结果或明显最佳结果，则直接载入。
-4. 若存在多个合理候选，则先列候选清单再让用户选。
-5. 不要强迫用户先知道 Zotero key。
-
-## Example
-
-```bash
-/pf-paper XGT9Z257
-/pf-paper Predictive findings on magnetic resonance imaging
-/pf-paper 10.1016/j.jse.2018.01.001
-/pf-paper XGT9Z257 PQR8KLM
-```
-
-## Output
-
-加载成功后显示：
-
-```
-已加载论文: [title] ([year], [journal])
-Zotero Key: [key]
-请基于论文原文回答问题。如信息未在论文中提及，会明确说明。
-请问有什么问题？
-```
-
-### 多篇论文模式
-
-多个 key 时依次加载所有 `fulltext.md`，回答时说明来源：
-```
-来源 [KEY1]: ...
-来源 [KEY2]: ...
-```
-
-### 回答原则
-
- **严格基于** `fulltext.md` 中的文本内容回答
- 引用原文时标注来源页码/章节
- 用中文（简体中文）回答
- 论文中未提及的内容，明确说明"论文中未提及该内容"
- 需要结合论文以外知识的问题，说明"该问题需要结合论文以外的知识回答"
-
-## Error Handling
-
-### 论文未找到
- **表现**：Zotero key 无效或搜索无结果
- **解决**：确认 key 正确，或尝试用标题片段搜索
-
-### 多个候选结果
- **表现**：搜索返回多个匹配的论文
- **处理**：Agent 列出候选清单，让用户选择目标论文
-
-### OCR 文件缺失
- **表现**：`fulltext.md` 不存在
- **处理**：Agent 基于元数据和公开信息回答，并告知用户"OCR 文本不可用，回答基于元数据"
-
-## Platform Notes
-
-### OpenCode
-
- `/pf-paper` 在对话窗口直接输入
- Agent 使用 `paperforge paths --json` 获取 Vault 路径配置
- 单篇加载时直接读取文件内容到对话上下文
- 多篇加载时分别读取每篇的 `fulltext.md`
- 用户可在同一上下文中说"精读这篇文章"无缝切换到 `/pf-deep` 模式
-
-### Codex
-
-> **Future**：计划支持。预计通过 API 调用实现类似功能。
-
-### Claude Code
-
-> **Future**：计划支持。预计通过工具调用或文件附件实现。
-
-## See Also
-
- [pf-deep](pf-deep.md) — 完整三阶段精读
- [AGENTS.md](../AGENTS.md) — 完整使用指南、架构说明、常见问题
- [docs/COMMANDS.md](../docs/COMMANDS.md) — 命令总览与矩阵
--- a/command/pf-status.md
+++ b/command/pf-status.md
@ -1,119 +0,0 @@
-# /pf-status
-
-## Purpose
-
-查看 PaperForge 当前安装与运行状态。
-
-`paperforge status` 会检查：
-
- 安装完整性（Python 包、依赖）
- 配置文件（`paperforge.json`、`.env`）
- 路径连通性（exports、ocr、literature 目录）
- Zotero 数据目录链接状态
- Better BibTeX 导出文件状态
-
-## CLI Equivalent
-
-```bash
-paperforge status
-```
-
-如需使用 Python 直接调用（备选方式）：
-
-```bash
-python -m paperforge status --vault .
-```
-
-更简单的方式是直接使用 `paperforge status`（见上方）。
-
-## Prerequisites
-
-无特殊前置条件。此命令用于诊断安装问题，即使在配置不完整时也会尽量输出可用信息。
-
-## Arguments
-
-| 参数 | 必需 | 说明 |
-|------|------|------|
-| `--vault <PATH>` | 否 | 指定 Vault 根目录（默认当前目录） |
-
-## Example
-
-```bash
-# 检查当前目录的 Vault 状态
-paperforge status
-
-# 检查指定 Vault 的状态
-paperforge status --vault /path/to/vault
-```
-
-## Output
-
-典型输出示例：
-
-```
-PaperForge Lite v1.2
-====================
-
-[安装检查]
-✓ Python 包: paperforge v1.2.0
-✓ 依赖: requests, pymupdf, pillow
-
-[配置检查]
-✓ paperforge.json: 存在且有效
-✓ .env: 存在
-✓ PADDLEOCR_API_TOKEN: 已设置
-
-[路径检查]
-✓ exports: <system_dir>/PaperForge/exports/
-✓ ocr: <system_dir>/PaperForge/ocr/
-✓ literature: <resources_dir>/<literature_dir>/
-✓ Zotero: <system_dir>/Zotero/
-
-[数据检查]
-✓ library.json: 存在，包含 150 条文献
-✓ 正式笔记: 150 篇
-
-状态: 一切正常 ✅
-```
-
-## Error Handling
-
-### 配置缺失
- **表现**：`✗ paperforge.json: 未找到`
- **解决**：运行 `paperforge doctor` 或重新执行安装步骤
-
-### 路径错误
- **表现**：`✗ Zotero: 目录不存在或不是有效链接`
- **解决**：创建 junction/symlink 到 Zotero 数据目录（见 [AGENTS.md](../AGENTS.md) 安装指南）
-
-### 依赖缺失
- **表现**：`✗ 依赖: requests 未安装`
- **解决**：`pip install requests pymupdf pillow`
-
-### API Key 未设置
- **表现**：`✗ PADDLEOCR_API_TOKEN: 未设置`
- **解决**：在 `.env` 文件中添加 API token
-
-## Platform Notes
-
-### OpenCode
-
-> `/pf-status` 是 **CLI 命令**，Agent 层不直接提供 `/pf-status` 聊天命令。
->
-> 用户可以在终端运行 `paperforge status` 检查安装状态。
-> Agent 可以在对话中指导用户执行诊断，或通过 Bash tool 代为执行并解析输出。
-
-### Codex
-
-> **Future**：计划支持。预计通过 API 调用实现类似功能。
-
-### Claude Code
-
-> **Future**：计划支持。预计通过工具调用实现类似功能。
-
-## See Also
-
- [pf-sync](pf-sync.md) — 文献同步
- [pf-ocr](pf-ocr.md) — OCR 提取
- [AGENTS.md](../AGENTS.md) — 完整使用指南、架构说明、常见问题
- [docs/COMMANDS.md](../docs/COMMANDS.md) — 命令总览与矩阵
--- a/command/pf-sync.md
+++ b/command/pf-sync.md
@ -1,121 +0,0 @@
-# /pf-sync
-
-## Purpose
-
-同步 Zotero Better BibTeX JSON 导出并生成/更新正式文献笔记。
-
-`paperforge sync` 自动检测 Zotero JSON 中的新条目并直接生成正式文献笔记。
-
-自动读取 `paperforge.json` 定位 exports 目录、control 目录和 literature 目录。
-
-## CLI Equivalent
-
-```bash
-paperforge sync
-```
-
-如需使用 Python 直接调用（备选方式）：
-
-```bash
-python -m paperforge sync --vault .
-```
-
-## Prerequisites
-
- [ ] Zotero 已安装且 Better BibTeX 插件已启用
- [ ] Better BibTeX 已配置自动导出 JSON
- [ ] JSON 导出文件存在（`<system_dir>/PaperForge/exports/library.json`）
- [ ] `paperforge.json` 配置正确（Vault 根目录下）
- [ ] 目录结构已创建（`setup.py` 会自动完成）
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-## Arguments
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-| 参数 | 必需 | 说明 |
-|------|------|------|
-| `--dry-run` | 否 | 预览变更，不实际写入文件 |
-| `--domain <DOMAIN>` | 否 | 仅同步指定领域（如 `骨科`） |
-| `--vault <PATH>` | 否 | 指定 Vault 根目录（默认当前目录） |
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-预览同步结果（不实际写入）：
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-```bash
-paperforge sync --dry-run
-```
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-按领域过滤同步：
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-```bash
-paperforge sync --domain 骨科
-```
-
-## Example
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-```bash
-# 完整同步
-paperforge sync
-
-# 预览模式
-paperforge sync --dry-run
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-# 仅同步特定领域
-paperforge sync --domain 骨科
-
-# 指定 Vault 目录
-paperforge sync --vault /path/to/vault
-```
-
-## Output
-
-```
-[INFO] Found 5 new items
-[INFO] Generated 5 formal notes
-[INFO] Output: <resources_dir>/<literature_dir>/骨科/XXXXXXX - Title.md
-```
-
-生成文件：
- `<resources_dir>/<literature_dir>/<domain>/<key> - <Title>.md`
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-## Error Handling
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-### JSON 文件不存在
- **表现**：`[ERROR] library.json not found`
- **解决**：检查 Better BibTeX 导出路径是否正确配置
-
-### 目录权限错误
- **表现**：`[ERROR] Permission denied`
- **解决**：检查 Vault 目录和子目录的写入权限
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-### Zotero key 重复
- **表现**：`[WARNING] Duplicate key detected`
- **解决**：在 Zotero 中检查重复的 citation key
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-### 空 JSON 导出
- **表现**：`[INFO] Found 0 new items`（预期有文献但未检测到）
- **解决**：
-  1. 确认 Zotero 中有带 citation key 的文献
-  2. 确认 Better BibTeX 已启用"Keep updated"
-  3. 手动触发一次导出（Tools → Better BibTeX → Refresh BibTeX Key）
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-## Platform Notes
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-### OpenCode
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-> `/pf-sync` 是 **CLI 命令**，Agent 层不直接提供 `/pf-sync` 聊天命令。
->
-> 用户需要在终端运行 `paperforge sync`。
-> Agent 可以在对话中指导用户执行同步步骤，或通过 Bash tool 代为执行。
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-### Codex
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-> **Future**：计划支持。预计通过 API 调用实现类似功能。
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-### Claude Code
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-> **Future**：计划支持。预计通过工具调用实现类似功能。
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-## See Also
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- [pf-ocr](pf-ocr.md) — OCR 提取（下一步操作）
- [pf-status](pf-status.md) — 检查系统状态
- [AGENTS.md](../AGENTS.md) — 完整使用指南、架构说明、常见问题
- [docs/COMMANDS.md](../docs/COMMANDS.md) — 命令总览与矩阵