diff --git a/pipeline/worker/scripts/literature_pipeline.py b/pipeline/worker/scripts/literature_pipeline.py
index f129225a..7dc67d92 100644
--- a/pipeline/worker/scripts/literature_pipeline.py
+++ b/pipeline/worker/scripts/literature_pipeline.py
@@ -2827,16 +2827,16 @@ def run_deep_reading(vault: Path, verbose: bool = False) -> int:
                 for q in blocked:
                     ocr_s = q['ocr_status'] or ''
                     if not ocr_s or ocr_s == 'pending':
-                        fix = f"paperforge ocr run"
+                        fix = f"paperforge ocr"
                         report_lines.append(f"- `{q['zotero_key']}`: 运行 `{fix}` 启动 OCR")
                     elif ocr_s == 'processing':
                         report_lines.append(f"- `{q['zotero_key']}`: OCR 进行中，请等待完成")
                     elif ocr_s == 'failed':
-                        report_lines.append(f"- `{q['zotero_key']}`: OCR 失败 — 检查 meta.json 错误信息，然后重新运行 `paperforge ocr run`")
+                        report_lines.append(f"- `{q['zotero_key']}`: OCR 失败 — 检查 meta.json 错误信息，然后重新运行 `paperforge ocr`")
                     else:
-                        report_lines.append(f"- `{q['zotero_key']}`: 运行 `paperforge ocr run` 重试")
+                        report_lines.append(f"- `{q['zotero_key']}`: 运行 `paperforge ocr` 重试")
                 report_lines.append('')
-        report_lines.extend(['## 操作', '', '- 对就绪论文，使用 `/LD-deep <zotero_key>` 触发精读', '- 批量触发：提供多个 key，用 subagent 并行处理', ''])
+        report_lines.extend(['## 操作', '', '- 对就绪论文，使用 `/pf-deep <zotero_key>` 触发精读', '- 批量触发：提供多个 key，用 subagent 并行处理', ''])
     else:
         report_lines = ['# 待精读队列', '', '所有 analyze=true 的论文已完成精读。', '']
     report_path = paths['pipeline'] / 'deep-reading-queue.md'
diff --git a/setup_wizard.py b/setup_wizard.py
index 9aef9b8f..289013c9 100644
--- a/setup_wizard.py
+++ b/setup_wizard.py
@@ -1152,30 +1152,36 @@ PaperForge Lite 已完成安装和初始化。以下是立即开始使用的步
 
 ### 首次使用步骤：
 
-**1. 同步 Zotero 文献**
+**1. 同步 Zotero 文献并生成正式笔记**
 ```bash
-paperforge selection-sync
+paperforge sync
 ```
 
-**2. 生成正式笔记**
+如需分阶段执行：
 ```bash
-paperforge index-refresh
+paperforge sync --selection  # 仅同步 Zotero 到 library-records
+paperforge sync --index      # 仅根据现有 library-records 生成正式笔记
 ```
 
-**3. 标记精读文献**
+**2. 标记精读文献**
 在 Obsidian 中打开 library-records 文件，设置：
 - `do_ocr: true`
 - `analyze: true`
 
-**4. 运行 OCR**
+**3. 运行 OCR**
 ```bash
-paperforge ocr run
+paperforge ocr
 ```
 
-**5. 执行精读**
+如需诊断模式（不实际运行）：
+```bash
+paperforge ocr --diagnose
+```
+
+**4. 执行精读**
 在 OpenCode Agent 中输入：
 ```
-/LD-deep <zotero_key>
+/pf-deep <zotero_key>
 ```
 
 ### 已安装的 Agent 命令
@@ -1185,26 +1191,26 @@ paperforge ocr run
 **精读命令：**
 | 命令 | 作用 |
 |------|------|
-| `/LD-deep <key>` | 完整三阶段精读 |
-| `/LD-paper <key>` | 快速摘要 |
+| `/pf-deep <key>` | 完整三阶段精读 |
+| `/pf-paper <key>` | 快速摘要 |
 
 **Worker 快捷命令：**
 | 命令 | 作用 |
 |------|------|
-| `/lp-selection-sync` | 同步 Zotero 新文献 |
-| `/lp-index-refresh` | 生成正式笔记 |
-| `/lp-ocr` | 运行 PDF OCR |
-| `/lp-status` | 查看工作流状态 |
+| `/pf-sync` | 同步 Zotero 文献并生成正式笔记 |
+| `/pf-ocr` | 运行 PDF OCR |
+| `/pf-status` | 查看工作流状态 |
 
 **paperforge 命令（推荐）：**
 ```bash
 paperforge status            # 查看状态
-paperforge selection-sync    # 同步文献
-paperforge index-refresh     # 生成笔记
-paperforge ocr run           # 运行 OCR
+paperforge sync              # 同步文献并生成笔记
+paperforge ocr               # 运行 OCR
 paperforge deep-reading      # 查看精读队列
 ```
 
+> **命令迁移说明（v1.1 → v1.2）**：旧命令 `paperforge selection-sync`、`paperforge index-refresh`、`paperforge ocr run` 以及 `/LD-deep`、`/LD-paper`、 `/lp-*` 在 v1.2 中仍兼容，但文档已统一使用新命令名。
+
 **Python 脚本命令（备用）：**
 ```bash
 {worker_cmd} <command>