lllin000_PaperForge/AGENTS.md

PaperForge Lite - Agent Guide

本文档面向 安装完成后的新用户 和 AI Agent。安装步骤见 INSTALLATION.md。

---

0. 安装后检查清单（第一次使用前必做）

[ ] Zotero 已安装 + Better BibTeX 插件已启用
[ ] Better BibTeX 已配置自动导出 JSON（见下方配置）
[ ] Obsidian 已打开当前 Vault
[ ] Python 依赖已安装 (pip install requests pymupdf pillow)
[ ] PaddleOCR API Key 已配置（在 .env 中）
[ ] 目录结构已创建（setup.py 会自动完成）
[ ] Zotero 数据目录已链接到 <system_dir>/Zotero

Better BibTeX 自动导出配置

1. Zotero → Edit → Preferences → Better BibTeX
2. 勾选 "Keep updated"（自动导出）
3. 选择导出格式：Better BibLaTeX 或 Better BibTeX
4. 导出路径设置为：{你的Vault路径}/<system_dir>/PaperForge/exports/library.json
5. 点击 OK，JSON 文件会自动生成并保持同步

---

1. 核心架构（Lite 版）

PaperForge Lite 采用 两层设计：

层级	组件	触发方式	作用
Worker 层	literature_pipeline.py（4 个 workers）	Python CLI	后台自动化
Agent 层	/pf-deep, /pf-paper 命令	用户手动触发	交互式精读

关键区别：

• Worker 只做机械劳动（检测新文献、生成笔记、OCR）
• Agent 只做深度思考（精读、分析、写作）
• Worker 不会自动触发 Agent，Agent 不会自动触发 Worker

操作速查：

你要做什么	在终端输入	在 OpenCode 输入
同步 Zotero 并生成笔记	paperforge sync	/pf-sync
运行 OCR	paperforge ocr	/pf-ocr
查看精读队列	paperforge deep-reading	/pf-deep（精读具体文献）
查看系统状态	paperforge status	/pf-status
修复状态分歧	paperforge repair	（终端操作）
验证安装配置	paperforge doctor	（终端操作）
查看帮助	paperforge --help	（终端操作）

---

2. 完整数据流

Zotero 添加文献
    ↓ Better BibTeX 自动导出 JSON
<system_dir>/PaperForge/exports/library.json
    ↓ 运行 sync（selection-sync 阶段）
<resources_dir>/<control_dir>/library-records/<domain>/<key>.md
    ↓ 运行 sync（index-refresh 阶段）
<resources_dir>/<literature_dir>/<domain>/<key> - <Title>.md（正式笔记）
    ↓ 用户在 library-record 中设置 do_ocr: true
运行 ocr → <system_dir>/PaperForge/ocr/<key>/
    ↓ 用户在 library-record 中设置 analyze: true
运行 deep-reading（查看队列，确认就绪）
    ↓ 用户执行 Agent 命令
/pf-deep <zotero_key>
    ↓ Agent 生成
正式笔记中新增 ## 🔍 精读 区域

---

3. 目录结构（Lite 版，5 个核心目录）

{你的Vault根目录}/
├── <resources_dir>/
│   ├── <literature_dir>/                    ← 正式文献笔记（index-refresh 生成）
│   │   ├── 骨科/
│   │   ├── 运动医学/
│   │   └── ...（你的分类）
│   └── <control_dir>/             ← 状态跟踪
│       └── library-records/           ← selection-sync 输出
│           ├── 骨科/
│           │   └── ABCDEFG.md         ← 单条文献状态记录
│           └── 运动医学/
│               └── HIJKLMN.md
│
├── <system_dir>/
│   ├── PaperForge/
│   │   ├── exports/                   ← Better BibTeX 自动导出的 JSON
│   │   │   └── library.json
│   │   ├── ocr/                       ← OCR 结果（每个文献一个子目录）
│   │   │   └── ABCDEFG/               ← Zotero key 作为目录名
│   │   │       ├── fulltext.md        ← OCR 提取的全文
│   │   │       ├── images/            ← 图表切割图片
│   │   │       ├── meta.json          ← OCR 元数据（含 ocr_status）
│   │   │       └── figure-map.json    ← 图表索引（自动创建）
│   │   └── worker/scripts/
│   │       └── literature_pipeline.py ← 核心脚本
│   └── Zotero/                        ← Junction/Symlink 到 Zotero 数据目录
│
├── <agent_config_dir>/                         ← OpenCode Agent 配置（自动创建）
│   └── skills/
│       └── literature-qa/             ← 深度阅读 Skill
│           ├── scripts/
│           │   └── ld_deep.py         ← /pf-deep 核心脚本
│           ├── prompt_deep_subagent.md ← Agent 精读提示词
│           └── chart-reading/         ← 14 种图表阅读指南
│
├── .env                               ← API Key 等敏感配置
└── AGENTS.md                          ← 本文件

各目录作用速查

目录	内容	谁生成/修改
<resources_dir>/<literature_dir>/	正式文献笔记（含 frontmatter + 精读内容）	sync（index-refresh 阶段）生成，Agent 写入精读
<resources_dir>/<control_dir>/library-records/	文献状态跟踪（analyze, ocr_status 等）	sync（selection-sync 阶段）生成，用户修改状态
<system_dir>/PaperForge/exports/	Better BibTeX JSON 导出	Zotero 自动导出
<system_dir>/PaperForge/ocr/	OCR 全文 + 图表切割	ocr worker 生成
<system_dir>/Zotero/	Zotero 数据目录的链接	安装时手动创建 junction

---

4. 核心 Workers（Lite 版，4 个）

sync

• 作用：检测 Zotero 中的新条目并生成正式文献笔记（selection-sync + index-refresh 的统一入口）
• 运行时机：添加新文献到 Zotero 后，或需要更新笔记格式时
• 输出：
  • <resources_dir>/<control_dir>/library-records/<domain>/<key>.md
  • <resources_dir>/<literature_dir>/<domain>/<key> - <Title>.md
• 示例：

  paperforge sync
  # 仅同步 Zotero 到 library-records
  paperforge sync --selection
  # 仅根据现有 library-records 生成正式笔记
  paperforge sync --index
  # Legacy (备用):
  # python <system_dir>/PaperForge/worker/scripts/literature_pipeline.py \
  #   --vault "{vault路径}" selection-sync
  # python <system_dir>/PaperForge/worker/scripts/literature_pipeline.py \
  #   --vault "{vault路径}" index-refresh
  

ocr

• 作用：将 PDF 上传到 PaddleOCR API，提取全文文本和图表
• 触发条件：library-record 中 do_ocr: true
• 输出：<system_dir>/PaperForge/ocr/<key>/ 目录
  • fulltext.md：提取的全文（含 <!-- page N --> 分页标记）
  • images/：自动切割的图表图片
  • meta.json：OCR 状态（ocr_status: done/pending/processing/failed）
  • figure-map.json：图表索引（后续自动生成）
• 注意：OCR 是异步的，大文件可能需要几分钟
• 示例：

  paperforge ocr
  # 诊断模式（不运行，仅检查状态）
  paperforge ocr --diagnose
  # Legacy (备用):
  # python <system_dir>/PaperForge/worker/scripts/literature_pipeline.py \
  #   --vault "{vault路径}" ocr
  

deep-reading

• 作用：扫描所有 library-records，列出 analyze=true 且 OCR 完成的文献
• 运行时机：用户想看看哪些文献可以开始精读了
• 输出：控制台表格，显示队列状态
• 重要：这只是查看队列，不会自动触发 Agent 精读
• 示例：

  paperforge deep-reading
  paperforge deep-reading --verbose  # 显示阻塞条目的修复指令
  # Legacy (备用):
  # python <system_dir>/PaperForge/worker/scripts/literature_pipeline.py \
  #   --vault "{vault路径}" deep-reading
  

---

5. Agent 命令（用户手动触发）

PaperForge 的命令分为两类：

类型	命令	用途	说明
深度思考	/pf-deep <key>	完整 Keshav 三阶段精读	必须 Agent 执行 — 需要理解论文、分析图表、生成 callout
深度思考	/pf-paper <key>	快速摘要	必须 Agent 执行 — 需要理解内容并写作
机械操作	/pf-sync	同步 Zotero 并生成笔记	Agent 可帮你检查状态并执行
机械操作	/pf-ocr	运行 PDF OCR	Agent 可帮你检查队列并执行
机械操作	/pf-status	查看系统状态	Agent 可帮你解读诊断结果

双模式调用：/pf-sync、/pf-ocr、/pf-status 本质上是 CLI 命令的 Agent 包装。你可以在终端直接运行 paperforge sync/ocr/status，也可以在 OpenCode 中使用 /pf-* 让 Agent 帮你检查前置条件、执行命令、解读输出。

v1.4 新增：所有命令支持全局 --verbose / -v 参数（如 paperforge sync --verbose），输出 DEBUG 级别的诊断信息到 stderr，不影响 stdout 的正常输出。

v1.4 新增 — auto_analyze_after_ocr：如果开启了 paperforge.json 中的 auto_analyze_after_ocr，OCR 完成后 analyze 会自动设为 true，无需手动修改 library-record。

必须 Agent 执行的命令

/pf-deep <zotero_key> — 完整精读

用途：完整 Keshav 三阶段精读 前置条件：OCR 完成 (ocr_status: done)

执行流程：

1. prepare 阶段（自动）：查找 library-record、检查 OCR、生成 figure-map
2. 精读阶段（Agent 执行）：Pass 1 概览 → Pass 2 精读还原 → Pass 3 深度理解
3. 验证阶段（自动）：检查 callout 间距、section 完整性

/pf-paper <zotero_key> — 快速摘要

用途：快速摘要（无 OCR 要求） 前置条件：有正式笔记即可

---

6. Path Resolution（路径解析）

PaperForge 支持三种 Better BibTeX 导出路径格式，并统一转换为 Obsidian wikilink：

支持的 BBT 路径格式

格式	示例	处理方式
Absolute Windows	D:\Zotero\storage\KEY\file.pdf	提取 8 位 KEY，转换为 storage:KEY/file.pdf
storage: prefix	storage:KEY/file.pdf	直接透传，仅规范化斜杠
Bare relative	KEY/file.pdf	自动添加 storage: 前缀

Wikilink 生成规则

• 所有 PDF 路径在 library-record 中存储为 Obsidian wikilink 格式：[[relative/path/to/file.pdf]]
• 使用正斜杠 /（即使 Windows 系统）
• 支持中文文件名，无需转义
• 示例：[[99_System/Zotero/storage/KEY/中文论文.pdf]]

Junction / Symlink 设置

如果 Zotero 数据目录在 Vault 外部，需创建 junction：

# 以管理员身份运行 PowerShell
New-Item -ItemType Junction -Path "C:\你的Vault\99_System\Zotero" -Target "C:\Users\用户名\Zotero"

或 CMD：

mklink /J "C:\你的Vault\99_System\Zotero" "C:\Users\用户名\Zotero"

运行 paperforge doctor 会自动检测 Zotero 位置并推荐正确的 junction 命令。

多附件处理

当一篇文献有多个 PDF 附件时：

• Main PDF：title="PDF" 的附件，或最大文件，或第一个 PDF
• Supplementary：其他 PDF 附件列表，以 wikilink 数组形式存储

---

7. Frontmatter 字段参考

Library Record（library-records/<domain>/<key>.md）

这是用户控制工作流的核心。每个文献对应一个 record 文件：

---
zotero_key: "ABCDEFG"           # Zotero citation key（自动生成）
domain: "骨科"                   # 分类领域（对应 Zotero 收藏夹）
title: "论文标题"
year: 2024
doi: "10.xxxx/xxxxx"
collection_path: "子分类"        # Zotero 子收藏夹路径
has_pdf: true                    # 是否有 PDF 附件（自动生成）
pdf_path: "[[99_System/Zotero/storage/KEY/文件名.pdf]]"  # Wikilink 格式
bbt_path_raw: "D:\\Zotero\\storage\\KEY\\文件名.pdf"     # 原始 BBT 路径（调试用）
zotero_storage_key: "KEY"        # 8 位 Zotero storage key
attachment_count: 2              # 附件总数
supplementary:                   # 其他 PDF 附件（wikilink 列表）
  - "[[99_System/Zotero/storage/KEY/supp1.pdf]]"
  - "[[99_System/Zotero/storage/KEY/supp2.pdf]]"
fulltext_md_path: "[[99_System/PaperForge/ocr/KEY/fulltext.md]]"
recommend_analyze: true          # 系统推荐精读（有 PDF 时自动设为 true）
analyze: false                   # 【用户控制】是否生成精读？设为 true 触发
do_ocr: true                     # 【用户控制】是否运行 OCR？设为 true 触发
ocr_status: "done"               # OCR 状态（pending/processing/done/failed）
deep_reading_status: "pending"   # 精读状态（pending/done）
path_error: ""                   # 路径错误（not_found/invalid/permission_denied）
analysis_note: ""                # 预留字段
---

用户操作方式：

• 在 Obsidian 中打开 library-record 文件
• 修改 analyze: false → analyze: true 标记要精读的文献
• 修改 do_ocr: false → do_ocr: true 触发 OCR
• 或使用 Obsidian Base 视图批量操作

Formal Note（Literature/<domain>/<key> - <Title>.md）

这是最终产出的笔记，包含元数据 + 精读内容：

---
title: "论文标题"
year: 2024
type: "journal"
journal: "Journal Name"
impact_factor: 5.2
category: "骨科"
tags:
  - 文献阅读
  - 子分类
keywords: ["keyword1", "keyword2"]
pdf_link: "[[99_System/Zotero/storage/KEY/文件名.pdf]]"
---

---

7. 第一次使用指南（手把手）

Step 1: 确认 Zotero 有文献

确保 Zotero 中已有至少一篇带 PDF 的文献，且 Better BibTeX 已导出 JSON。

Step 2: 运行 sync

# 在 Vault 根目录执行
paperforge sync

预期输出：

[INFO] Found 5 new items
[INFO] Created library-records/骨科/XXXXXXX.md
[INFO] Generated 5 formal notes
[INFO] Output: <resources_dir>/<literature_dir>/骨科/XXXXXXX - Title.md
...

如需分阶段执行：

• paperforge sync --selection — 仅同步 Zotero 到 library-records
• paperforge sync --index — 仅根据现有 library-records 生成正式笔记

Step 3: 标记要精读的文献

在 Obsidian 中：

1. 打开 <resources_dir>/<control_dir>/library-records/骨科/XXXXXXX.md
2. 将 do_ocr: false 改为 do_ocr: true
3. 将 analyze: false 改为 analyze: true
4. 保存文件

Step 4: 运行 OCR

paperforge ocr

等待完成（可能需要几分钟）。

Step 5: 检查 OCR 状态

paperforge deep-reading

预期输出：

## 就绪 (1 篇) — OCR 完成
- `XXXXXXX` | 骨科 | 论文标题

Step 6: 执行精读

在 OpenCode Agent 中输入：

/pf-deep XXXXXXX

Agent 会自动：

1. 准备精读骨架（prepare）
2. 逐阶段填写精读内容
3. 验证结构完整性

Step 7: 查看结果

在 Obsidian 中打开正式笔记，找到 ## 🔍 精读 区域，精读已完成。

---

8. 常用命令速查

# 检测 Zotero 新条目并生成正式笔记
paperforge sync
paperforge sync --verbose      # 显示详细诊断信息

# 仅同步 Zotero 到 library-records
paperforge sync --selection
paperforge sync --selection --verbose

# 仅根据现有 library-records 生成正式笔记
paperforge sync --index
paperforge sync --index --verbose

# 运行 OCR（处理 do_ocr=true 的文献）
paperforge ocr
paperforge ocr --verbose       # 显示 OCR 详细日志
paperforge ocr --diagnose      # 诊断模式，不实际运行
paperforge ocr --no-progress   # 静默模式，不显示进度条

# 查看精读队列
paperforge deep-reading
paperforge deep-reading --verbose  # 显示阻塞条目修复指令

# 修复状态分歧（默认 dry-run）
paperforge repair --verbose        # 查看三向状态分歧详情
paperforge repair --fix           # 实际修复（慎用）

# 查看整体状态
paperforge status

# 验证安装配置
paperforge doctor

如果 paperforge 命令未注册，可使用 fallback：

python -m paperforge <command>

例如：python -m paperforge status

Agent 命令

/pf-deep <zotero_key>    # 完整三阶段精读（必须 Agent 执行）
/pf-paper <zotero_key>   # 快速摘要（必须 Agent 执行）
/pf-sync                 # 同步 Zotero（Agent 包装 CLI）
/pf-ocr                  # 运行 OCR（Agent 包装 CLI）
/pf-status               # 查看状态（Agent 包装 CLI）

注：/pf-sync、/pf-ocr、/pf-status 与 paperforge sync/ocr/status 是同一命令的两种调用方式。在终端直接运行 CLI 即可；在 OpenCode 中使用 /pf-* 可以让 Agent 帮你检查前置条件并解读输出。

Chart-Reading 指南索引

/pf-deep 精读时会参考 19 种图表类型的阅读指南，按生物医学文献常见度排序。完整索引参见 chart-reading/INDEX.md。

---

9. 常见问题

Q: 运行 sync 后没有生成 library-records？

• 检查 Better BibTeX JSON 导出路径是否正确
• 检查 JSON 文件是否包含文献数据
• 确认 Zotero 中该文献有 citation key

Q: OCR 一直显示 pending？

• 检查 PaddleOCR API Key 是否配置正确（.env 文件）
• 检查网络连接
• 查看 <system_dir>/PaperForge/ocr/<key>/meta.json 中的错误信息

Q: /pf-deep 提示 OCR 未完成？

• 确认 library-record 中 ocr_status: done
• 如 OCR 失败，可重新设置 do_ocr: true 再运行 ocr worker

Q: Base 视图中 pdf_path 显示为绝对路径？

• 这是 Obsidian 渲染问题，数据本身是相对路径
• 不影响功能，可忽略

Q: 可以批量操作吗？

• 可以。使用 Obsidian Base 视图批量修改 do_ocr 和 analyze 字段
• 或使用脚本批量修改 library-records 中的 frontmatter

---

10. 升级与维护

更新 PaperForge 代码

方式 1：自动更新（推荐）

# 自动检测安装方式并更新
paperforge update

系统会自动检测你是通过 pip、git 还是手动安装，并执行对应的更新方式。

方式 2：Windows 一键脚本

双击运行 Vault 根目录下的 scripts/update-paperforge.ps1：

• 自动检测安装方式
• 自动执行更新
• 无需手动输入命令

# 或在 PowerShell 中执行
.\scripts\update-paperforge.ps1

# 强制更新（跳过确认）
.\scripts\update-paperforge.ps1 -Force

# 只检测不更新
.\scripts\update-paperforge.ps1 -DryRun

方式 3：手动更新

pip 安装用户：

pip install --upgrade paperforge

pip editable 安装用户：

cd 你的Vault路径
git pull origin master
pip install -e .

git clone 用户：

cd 你的Vault路径
git pull origin master

方式 4：手动复制（最后手段）

cp -r 新下载的代码/* <vault_path>/

[!WARNING] 手动复制容易遗漏文件，建议优先使用自动更新。

备份注意事项

• <resources_dir>/ 和 <system_dir>/PaperForge/ocr/ 包含你的数据，需备份
• .env 包含 API Key，不要提交到 git
• <system_dir>/PaperForge/exports/ 可重新生成（由 Zotero 自动导出）

---

11. 命令迁移说明（v1.1 → v1.2）

从 v1.2 开始，PaperForge 采用统一的命令接口：

• CLI 统一入口：paperforge sync（替代 selection-sync + index-refresh）、paperforge ocr（替代 ocr run）
• Agent 统一前缀：/pf-deep、/pf-paper、/pf-ocr、/pf-sync、/pf-status（替代 /LD-* 和 /lp-*）
• Python 包重命名：paperforge（替代 paperforge_lite）

旧命令仍兼容：v1.2 继续支持旧命令名（selection-sync、index-refresh、ocr run），但文档已统一使用新命令。

v1.4 新增：结构化日志（--verbose）、自动重试、进度条、代码自动化检查。详细迁移步骤和回滚说明参见 docs/MIGRATION-v1.2.md（v1.1→v1.2）和 docs/MIGRATION-v1.4.md（v1.3→v1.4）。

---

PaperForge Lite | 快速开始指南 | 安装后阅读