mirror of
https://github.com/lllin000/PaperForge.git
synced 2026-07-22 17:00:23 +00:00
d5818e8acd
- Move Better BibTeX auto-export to post-install step (exports dir created by setup) - Clarify wizard overview: show resources_dir/literature_dir/control_dir hierarchy - Fix post-install flow order: BBT export → enable plugin → dashboard → sync - Split do_ocr and analyze marks into separate steps (OCR before deep-reading) - Mark all literature flags via Base views, not manual file editing - Make installer incremental: preserve existing files, only create missing ones - Remove destructive junction/link deletion in TUI wizard - Merge .env instead of overwriting; skip overwrite for AGENTS.md, docs, plugin - Update TUI, headless, and plugin completion output to match corrected flow - Add regression test for non-destructive setup behavior
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# PaperForge 安装配置与使用指南
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> 本文档面向**首次使用 PaperForge 的新用户**，从零开始覆盖安装、配置、使用全流程。
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## 目录
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1. [前置条件](#1-前置条件)
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2. [安装 PaperForge](#2-安装-paperforge)
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3. [运行安装向导](#3-运行安装向导)
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4. [配置 Zotero 和 Better BibTeX](#4-配置-zotero-和-better-bibtex)
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5. [验证安装](#5-验证安装)
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6. [首次使用流程](#6-首次使用流程)
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7. [日常使用命令](#7-日常使用命令)
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8. [更新 PaperForge](#8-更新-paperforge)
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9. [故障排除](#9-故障排除)
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## 1. 前置条件
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### 1.1 需要安装的软件
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| 软件 | 版本要求 | 用途 | 下载地址 |
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|------|---------|------|---------|
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| Python | 3.10+ | 运行 PaperForge | https://python.org/downloads/ |
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| Zotero | 最新版 | 文献管理 | https://zotero.org/download/ |
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| Better BibTeX | 最新版 | Zotero 插件 | https://retorque.re/zotero-better-bibtex/installation/ |
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| Obsidian | 最新版 | 笔记软件 | https://obsidian.md/download/ |
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| Git | 可选 | 手动更新 | https://git-scm.com/downloads/win |
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### 1.2 需要申请的 API Key
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- **PaddleOCR API Key**：用于 PDF 自动 OCR 提取
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- 访问 https://paddleocr.baidu.com
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- 注册账号 → 创建应用 → 获取 API Token
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- 免费额度通常足够个人使用
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### 1.3 确认 Zotero 已有文献
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在开始安装前，确保：
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1. Zotero 已安装并打开过至少一次
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2. Zotero 中已有至少一篇带 PDF 附件的文献
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3. Better BibTeX 插件已安装（Zotero → 工具 → 插件 → 搜索 Better BibTeX）
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> 安装向导是**增量式**的：如果你选择的 Vault 或目录里已经有文件，PaperForge 只会创建缺失的目录和文件，不会删除已有内容。
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## 2. 安装 PaperForge
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### 方式 A：pip 安装（推荐）
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打开 PowerShell（Windows）或终端（macOS/Linux）：
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```powershell
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pip install git+https://github.com/LLLin000/PaperForge.git
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```
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验证安装：
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```powershell
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paperforge --help
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```
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如果看到命令列表，说明安装成功。
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### 方式 B：一键安装脚本（Windows 新用户）
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如果不太熟悉命令行，使用一键脚本：
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```powershell
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powershell -c "iwr -Uri https://raw.githubusercontent.com/LLLin000/PaperForge/master/scripts/install-paperforge.ps1 -OutFile install.ps1; ./install.ps1"
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```
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脚本会自动检查 Python、安装 PaperForge，然后提示运行 `paperforge setup`。
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### 方式 C：从源码安装（开发者用）
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```powershell
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git clone https://github.com/LLLin000/PaperForge.git
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cd PaperForge
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pip install -e .
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```
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## 3. 运行安装向导
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### 3.1 启动向导
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```powershell
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paperforge setup
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```
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你会看到一个图形化界面（终端内的交互式界面）。
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这一步会把 PaperForge 需要的文件部署到当前 Vault，包括 `.obsidian/plugins/paperforge/`。在这一步完成之前，Obsidian 里还不能启用插件，也不能打开 Dashboard。
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### 3.2 向导步骤详解
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**第 1 步：概览**
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- 向导会先展示目录层级，帮助你理解哪些内容在 Vault 根目录，哪些内容在 `resources_dir` 下面
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- 重点关系是：
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- `<resources_dir>/<literature_dir>/`：正式文献笔记
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- `<resources_dir>/<control_dir>/library-records/`：每篇文献的状态跟踪
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- `<system_dir>/PaperForge/exports/`：Better BibTeX JSON 导出目录
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- 这一步也会明确说明：如果目标目录里已有文件，安装只做增量创建，不覆盖已有内容
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**第 2 步：目录配置**
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- 在这里设置目录名称，而不是手动创建目录
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- 默认结构如下：
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- `99_System`：系统文件、OCR 结果、exports、worker
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- `03_Resources`：用户文献数据根目录
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- `03_Resources/Literature`：正式文献笔记
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- `03_Resources/LiteratureControl/library-records`：状态卡片
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- `05_Bases`：Obsidian Base 视图
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**第 3 步：平台与密钥**
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- 选择 Agent 平台：OpenCode / Cursor / Claude Code / Windsurf / GitHub Copilot / Cline / Augment / Trae
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- **如果不确定，选 OpenCode**
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- 填写 PaddleOCR API Key
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- 可选填写 Zotero 数据目录，便于自动定位 PDF
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**第 4 步：安装**
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- 向导会自动：
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1. 创建缺失目录
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2. 部署 worker、技能和插件文件
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3. 写入 `paperforge.json`
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4. 创建或补充 `.env`
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5. 验证安装结果
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**第 5 步：完成**
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- 先回到 Obsidian 启用插件：`Settings -> Community Plugins -> Installed -> PaperForge -> Enable`
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- 然后再配置 Better BibTeX 自动导出
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- 最后才是打开 Dashboard、运行 `Sync Library`、运行 OCR
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### 3.3 安装后文件结构
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安装完成后，你的 vault 目录结构如下：
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```
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your-vault/
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├── [system_dir]/ # 你自定义的系统目录
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│ └── PaperForge/
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│ ├── exports/ # Better BibTeX JSON 导出（自动生成）
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│ ├── ocr/ # OCR 结果（自动生成）
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│ │ └── [zotero_key]/ # 每篇文献一个目录
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│ │ ├── meta.json # OCR 状态
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│ │ ├── fulltext.md # OCR 全文
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│ │ ├── images/ # 图表图片
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│ │ └── figure-map.json
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│ ├── config/
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│ │ └── domain-collections.json
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│ ├── worker/scripts/ # 工作流脚本
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│ └── .env # PaddleOCR API Key
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│
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├── [resources_dir]/ # 你自定义的资源目录
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│ ├── [literature_dir]/ # 正式文献笔记
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│ │ └── [domain]/ # 按 Zotero 分类
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│ │ └── [key] - [Title].md # 正式文献笔记
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│ └── [control_dir]/ # 文献状态控制
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│ └── library-records/
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│ └── [domain]/
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│ └── [key].md # 单条文献状态
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│
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├── [base_dir]/ # Obsidian Base 视图
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│ └── [domain].base # 每个分类一个 Base
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│
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├── [skill_dir]/ # Agent 技能
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│ └── literature-qa/
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│ ├── scripts/ld_deep.py
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│ ├── prompt_deep_subagent.md
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│ └── chart-reading/ # 19 种图表指南
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│
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├── .env # API Key（仅供 CLI 读取）
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├── paperforge.json # 配置
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└── AGENTS.md # 本指南
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```
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## 4. 配置 Zotero 和 Better BibTeX
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### 4.1 配置 Better BibTeX 自动导出
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这一步要在安装向导完成后再做，因为 `exports/` 目录要先由安装流程创建。
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这一步是关键——PaperForge 通过 Better BibTeX 的自动导出 JSON 来感知 Zotero 中的文献变化。
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1. 打开 Zotero
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2. 对你要同步的文献库或分类右键 → **Export... / 导出...**
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3. **导出格式**：选择 **Better BibTeX JSON**
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4. **勾选 "Keep updated"**（自动导出）
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5. **导出路径**设置为：
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```
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{你的Vault路径}/[system_dir]/PaperForge/exports/library.json
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```
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例如：`C:\MyVault\99_System\PaperForge\exports\library.json`
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6. **点击保存**
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### 4.2 按分类导出（可选）
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如果你希望按 Zotero 收藏夹分类导出（推荐），可以：
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1. 在 Zotero 中创建多个收藏夹（如：骨科、运动医学、肿瘤学）
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2. 在每个收藏夹上右键 → **Export Collection...**
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3. 导出为 Better BibLaTeX 格式
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4. 保存到 `exports/` 目录：`exports/骨科.json`、`exports/运动医学.json`
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5. **勾选 "Keep updated"**
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这样 PaperForge 会按分类组织你的文献笔记。
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### 4.3 验证 JSON 导出
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检查导出文件是否生成：
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```powershell
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dir {vault_path}/[system_dir]/PaperForge/exports/*.json
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```
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应该能看到 `.json` 文件。
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## 5. 验证安装
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### 5.1 运行诊断
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```powershell
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paperforge doctor
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```
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预期输出包含：
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- Python 版本检测 ✓
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- Vault 结构检测 ✓
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- Zotero 检测 ✓
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### 5.2 查看路径
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```powershell
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paperforge paths
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```
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显示所有 PaperForge 路径，确认目录结构正确。
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### 5.3 查看状态
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```powershell
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paperforge status
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```
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显示系统概览，包括：
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- PaperForge 版本
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- Vault 路径
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- 各目录状态
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- OCR 配置状态
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## 6. 首次使用流程
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### 6.1 同步 Zotero 文献
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```powershell
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paperforge sync
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```
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这个命令会完成两件事：
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1. **selection-sync**：读取 BBT JSON 导出，为每篇文献创建 `library-records/[domain]/[key].md`
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2. **index-refresh**：生成正式文献笔记 `Literature/[domain]/[key] - [Title].md`，创建 Obsidian Base 视图
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预期输出：
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```
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[INFO] Found 5 new items
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[INFO] Created library-records/骨科/XXXXXXX.md
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[INFO] Generated 5 formal notes
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```
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### 6.2 在 Obsidian 中查看
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打开 Obsidian，你应该能看到：
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- `[resources_dir]/Literature/` 下有了文献笔记
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- `[base_dir]/` 下有了 `.base` 文件（Base 视图）
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- 在 Obsidian 的 Base 插件中可以看到控制面板
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### 6.3 在 Base 视图中标记 OCR
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在 Obsidian Base 视图中找到该文献，将 `do_ocr` 设为 `true`。保存后该文献会进入 OCR 队列。
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### 6.4 运行 OCR
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```powershell
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paperforge ocr
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```
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新版 `paperforge ocr` 是**一步到位**的：
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1. **上传阶段**：将 PDF 上传到 PaddleOCR API
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2. **等待阶段**：自动轮询，每 15 秒检查一次进度
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3. **下载阶段**：OCR 完成后自动下载全文和图表
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||
4. 全程不需要用户干预
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||
预期输出：
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```
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||
Processing OCR: 100%|████| 2/2 [00:00]
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Uploading: 100%|████| 2/2 [00:01]
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Waiting OCR: 100%|████| 2/2 [00:30]
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||
ocr: updated 2 records
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||
```
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输出文件：
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- `[system_dir]/PaperForge/ocr/[key]/fulltext.md` — 全文
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- `[system_dir]/PaperForge/ocr/[key]/images/` — 图表图片
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- `[system_dir]/PaperForge/ocr/[key]/meta.json` — OCR 元数据
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- `[system_dir]/PaperForge/ocr/[key]/figure-map.json` — 图表索引
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### 6.5 在 Base 视图中标记精读
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OCR 完成后，在 Obsidian Base 视图中找到该文献，将 `analyze` 设为 `true`。
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### 6.6 执行精读
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在 OpenCode 中（或你选择的 Agent 平台）输入：
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```
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/pf-deep XXXXXXX
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```
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Agent 会自动：
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**第 1 步：前置准备（prepare）**
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- 检查 library-record 状态
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- 确认 OCR 已完成
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- 生成 figure-map 和 chart-type-map
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- 插入 `## 🔍 精读` 骨架（包含所有 figure/table 的 callout 块）
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- 每个 callout 块内有 6 个固定子标题
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**第 2 步：Pass 1 概览**
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- AI 填写"一句话总览"和"5 Cs 快速评估"
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**第 3 步：Pass 2 精读还原**
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- AI 按顺序逐个填写 figure callout 块
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- 每块有固定子标题：图像定位、方法结果、质量审查、作者解释、我的理解、疑点
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- AI 读取 chart-type-map，参考对应的图表阅读指南
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- 每填写完一张图保存一次
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- **完成后自动检查**：顺序、图片边界、空块、缺失子标题
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**第 4 步：Pass 3 深度理解**
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- AI 编写假设挑战、结论评估、研究启发
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**第 5 步：最终验证**
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- 运行 validate-note 检查结构完整性
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整个精读过程约 5-15 分钟（取决于论文长度），完成后在 Obsidian 中打开文献笔记即可看到 `## 🔍 精读` 区域。
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### 6.6 快速摘要（不要求 OCR）
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如果只想看论文摘要而不需要完整精读：
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```
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/pf-paper XXXXXXX
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```
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这个命令不需要 OCR 完成，只要有正式笔记即可。
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## 7. 日常使用命令
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### 7.1 终端命令
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| 命令 | 用途 | 说明 |
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|------|------|------|
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| `paperforge status` | 查看系统状态 | 诊断各组件健康度 |
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| `paperforge sync` | 同步 Zotero 并生成笔记 | 新增/更新文献时运行 |
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| `paperforge ocr` | 运行 OCR | 一步到位，等待完成后返回 |
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| `paperforge ocr --diagnose` | 诊断 OCR 配置 | 检查 token/URL/API |
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| `paperforge deep-reading` | 查看精读队列 | 显示可精读的文献列表 |
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| `paperforge doctor` | 诊断整体配置 | 验证安装完整性 |
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| `paperforge update` | 更新到最新版 | 自动检测安装方式 |
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| `paperforge setup` | 重新运行安装向导 | 修改配置时使用 |
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| `paperforge --verbose` | 启用 DEBUG 日志 | 配合任意命令使用 |
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### 7.2 Agent 命令（在 OpenCode 中使用）
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| 命令 | 用途 |
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|------|------|
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| `/pf-deep <key>` | 完整三阶段精读 |
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| `/pf-paper <key>` | 快速摘要 |
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| `/pf-sync` | 同步 Zotero（Agent 解读状态） |
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| `/pf-ocr` | 运行 OCR（Agent 检查队列） |
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| `/pf-status` | 查看状态（Agent 解读诊断） |
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### 7.3 OCR 配置环境变量
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| 环境变量 | 默认值 | 说明 |
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|---------|--------|------|
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| `PADDLEOCR_API_TOKEN` | — | PaddleOCR API Key |
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| `PADDLEOCR_JOB_URL` | `https://paddleocr.aistudio-app.com/api/v2/ocr/jobs` | API 地址 |
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| `PADDLEOCR_MODEL` | `PaddleOCR-VL-1.5` | OCR 模型 |
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| `PADDLEOCR_MAX_ITEMS` | 3 | 并发 OCR 数 |
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| `PAPERFORGE_RETRY_MAX` | 5 | 上传重试次数 |
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||
| `PAPERFORGE_RETRY_BACKOFF` | 2.0 | 重试退避秒数 |
|
||
| `PAPERFORGE_POLL_MAX_CYCLES` | 20 | OCR 轮询最大次数 |
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||
| `PAPERFORGE_POLL_INTERVAL` | 15 | 轮询间隔秒数 |
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||
| `PAPERFORGE_ZOMBIE_TIMEOUT_MINUTES` | 30 | 僵尸任务超时（分钟） |
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||
| `PAPERFORGE_LOG_LEVEL` | INFO | 日志级别 |
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---
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||
## 8. 更新 PaperForge
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||
### 8.1 自动更新
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```powershell
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paperforge update
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```
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||
自动检测当前安装方式（pip / pip editable / git clone），执行对应的更新命令。
|
||
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### 8.2 手动更新
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||
|
||
**pip 安装用户：**
|
||
```powershell
|
||
pip install --upgrade git+https://github.com/LLLin000/PaperForge.git
|
||
```
|
||
|
||
**pip editable 安装用户：**
|
||
```powershell
|
||
cd {仓库目录}
|
||
git pull origin master
|
||
pip install -e .
|
||
```
|
||
|
||
**Windows 一键脚本：**
|
||
```powershell
|
||
.\scripts\install-paperforge.ps1 -Force
|
||
```
|
||
|
||
### 8.3 查看版本
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||
|
||
```powershell
|
||
python -c "import paperforge; print(paperforge.__version__)"
|
||
```
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||
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||
---
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||
## 9. 故障排除
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||
### 9.1 paperforge 命令找不到
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```powershell
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||
# 检查 pip 安装
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pip list | findstr paperforge
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||
# 如果未安装，重新安装
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||
pip install git+https://github.com/LLLin000/PaperForge.git
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||
|
||
# 如果已安装但命令不在 PATH，使用 fallback
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||
python -m paperforge status
|
||
```
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||
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||
### 9.2 同步后没有生成 library-records
|
||
|
||
```
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||
# 检查 JSON 导出文件是否存在
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||
dir {vault}/[system_dir]/PaperForge/exports/*.json
|
||
|
||
# 确认 JSON 文件有内容
|
||
python -c "import json; d=json.loads(open('exports/library.json',encoding='utf-8').read()); print(len(d.get('items',[]) if isinstance(d,dict) else d),'items')"
|
||
```
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||
|
||
**常见原因：**
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||
- Better BibTeX 自动导出路径配置错误
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||
- JSON 文件为空
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||
- Zotero 中没有带 citation key 的条目
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||
**修复：**
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||
1. Zotero → Edit → Preferences → Better BibTeX → 确认"Keep updated"已勾选
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||
2. 确认导出路径正确
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||
3. 手动在 Zotero 中选一篇文献 → 右键 → Generate BibTeX key
|
||
|
||
### 9.3 OCR 一直显示 pending
|
||
|
||
```
|
||
# 运行 OCR 诊断
|
||
paperforge ocr --diagnose
|
||
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||
# 查看具体文献的 OCR 状态
|
||
cat {vault}/[system_dir]/PaperForge/ocr/[key]/meta.json
|
||
```
|
||
|
||
**常见原因：**
|
||
- PaddleOCR API Key 未配置或无效
|
||
- 网络连接问题（API 地址不可达）
|
||
- PDF 文件路径错误
|
||
|
||
**修复：**
|
||
- 检查 `.env` 中 `PADDLEOCR_API_TOKEN` 是否正确
|
||
- 运行 `paperforge doctor` 查看整体状态
|
||
|
||
### 9.4 PDF 路径无法解析
|
||
|
||
```
|
||
# 报错信息
|
||
ERROR:paperforge.pdf_resolver:PDF path could not be resolved: storage:XXXX/filename.pdf
|
||
```
|
||
|
||
**原因**：Zotero 数据目录链接（junction/symlink）不正确。
|
||
|
||
**修复：**
|
||
1. 确认 Zotero 数据目录位置
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2. 重新创建 junction：
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```powershell
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# 删除旧的链接
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rmdir "{vault}/[system_dir]/Zotero"
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# 创建新链接（管理员终端）
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New-Item -ItemType Junction -Path "{vault}/[system_dir]/Zotero" -Target "C:\Users\用户名\Zotero"
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```
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或者：
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```powershell
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# 在 .env 中手动指定 Zotero 数据目录
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ZOTERO_DATA_DIR=C:\Users\用户名\Zotero
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```
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### 9.5 Base 视图不显示数据
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- Base 视图需要手动刷新：在 Obsidian 中点击 Refresh 按钮
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- 或退出 Obsidian 重新打开
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### 9.6 更新后出现异常
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```powershell
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# 查看完整日志
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paperforge status --verbose
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# 如果问题持续，重新安装
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pip install --force-reinstall git+https://github.com/LLLin000/PaperForge.git
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```
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## 附录
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### A. Better BibTeX 配置参考
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Zotero → Edit → Preferences → Better BibTeX：
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```
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☑ Keep updated
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Export format: Better BibLaTeX
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Export path: {vault}/[system_dir]/PaperForge/exports/library.json
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Citation key format: [auth:lower]_[year]
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```
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### B. paperforge.json 参考
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```json
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{
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"name": "PaperForge-Lite",
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"version": "1.4.1",
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"repository": "https://github.com/LLLin000/PaperForge",
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"system_dir": "99_System",
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||
"resources_dir": "03_Resources",
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||
"literature_dir": "Literature",
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"control_dir": "LiteratureControl",
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"base_dir": "05_Bases",
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"auto_analyze_after_ocr": false,
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"update": {
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"channel": "stable",
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"auto_check": true,
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"check_interval_days": 7
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}
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}
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```
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### C. .env 文件参考
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```
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PADDLEOCR_API_TOKEN=your_api_token_here
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PADDLEOCR_JOB_URL=https://paddleocr.aistudio-app.com/api/v2/ocr/jobs
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PADDLEOCR_MODEL=PaddleOCR-VL-1.5
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ZOTERO_DATA_DIR=C:\Users\用户名\Zotero
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```
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### D. 目录名称速查
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| 配置项 | 默认值 | 用途 |
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|-------|--------|------|
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| system_dir | `99_System` | 系统文件 |
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| resources_dir | `03_Resources` | 文献资源 |
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| literature_dir | `Literature` | 正式笔记 |
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| control_dir | `LiteratureControl` | 状态控制 |
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| base_dir | `05_Bases` | Obsidian Base |
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||
| skill_dir | `.opencode/skills` | Agent 技能 |
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